같은 자료를 여러 방식으로 분석하면 결과가 얼마나 흔들리는지 살필 수 있다. 하지만 다른 실험에서도 같은 판단이 통하는지를 알려면, 처음 분석에 쓰지 않은 비교 자료가 필요하다. 작약·감초 관련 전사체 재분석을 다시 검토하면서 내가 먼저 찾은 것도 그런 자료였다. 2026년 9월 3일에는 독립된 비교 조건을 확보하지 못한 채 같은 분석을 더 늘리지는 않기로 했다.
전사체는 여러 유전자가 얼마나 활동하는지 RNA를 통해 살펴본 자료다. 이 작업에서는 작약·감초의 준비 방법에 따라 세포의 유전자 활동 양상이 달라지는지를 공개 자료로 재분석했다. 같은 자료 안에서 차이가 보이더라도, 그 차이를 다른 세포나 실험 조건으로 옮겨 설명할 수 있는지는 별도로 확인해야 했다.
파일이 늘어도 독립된 실험이 늘어난 것은 아니었다
추가 자료를 찾을 때는 저장소의 등록번호부터 세지 않고, 각각 어떤 실험에서 나온 자료인지와 무엇을 비교했는지를 함께 살폈다. GEO 같은 유전자 자료 저장소에서는 하나의 연구가 여러 등록번호로 나뉠 수 있다. 파일이나 등록번호가 다르다는 이유만으로, 서로 독립적으로 얻은 검증 자료라고 볼 수는 없다.
비교하려는 준비 방법이 실제로 나뉘어 있는지도 중요했다. 어떤 준비물과 대조군을 비교한 자료가 있어도, 그것만으로 두 준비 방법 사이의 차이를 검증할 수는 없다. 약재 비율과 용매, 처리 농도, 세포 종류, 실험 배치가 어떻게 맞춰졌는지 알아야 준비 방법의 차이를 다른 조건의 차이와 구분할 수 있다.
나는 추가 자료를 이 기준으로 분류하면서, 기존 분석과 떨어진 실험이면서도 필요한 비교를 갖춘 자료를 찾았다. 9월 3일 점검에서는 그 조건을 충족하지 못해 재작업과 재투고를 중단했다. 분석법을 바꾸거나 설명을 더 붙이는 것만으로 빠진 비교를 채울 수는 없었다.
멈추면서도 이미 공개한 계산 자료는 남겼다
앞서 7월 13일에는 정리한 데이터와 코드, 파일 명세와 점검 기록을 Zenodo 재현 패키지로 공개했다. 같은 자료 안에서 준비 방법의 구분을 살핀 분석과, 한 세포 조건을 분석에서 빼 둔 뒤 그 조건에서도 예측이 통하는지 살핀 분석이 이 패키지에 포함된다. 계산을 따라가려면 무엇을 입력하고 어떤 조건을 비교했는지부터 확인할 수 있어야 했기 때문이다.
패키지를 남긴 일과 별도의 실험으로 결론을 검증한 일은 구분한다. 공개 자료는 재분석의 과정을 확인하는 경로이며, 임상 효과나 안전성, 환자에게 도움이 된다는 근거로 내놓은 것은 아니다. 이후 재작업을 멈췄다고 해서 이 공개 기록까지 없애지는 않았다.
다시 검토하려면 다른 곳에서 얻은 자료에 필요한 비교 조건이 갖춰져 있어야 한다. 어떤 결과를 보면 판단을 유지하거나 바꿀지도 결과를 보기 전에 정해야 한다. 이 작업에서 남기려 한 것은 중단이라는 상태 한 줄보다, 자료를 더 모았다고 말하기 전에 그 자료가 어떤 빈칸을 실제로 채우는지 확인한 과정이다.