현재 결과: 2026년 8월 18일 In Silico Pharmacology에 단독 저자 논문으로 게재됐다. DOI와 PubMed 기록은 아래에 링크했다.
연구를 시작할 때는 morroniside가 가장 유망해 보였다. 하지만 한 번의 초기 분석에 기대어 내린 순위였다. 독립 반복을 추가하자 morroniside는 상위권을 지키지 못했고, catalpol과 geniposide가 반복마다 더 일관된 결과를 보였다. 후속 실험 후보도 이 두 물질로 바꿨다.
비교한 대상과 기준
Keap1–Nrf2–ARE 경로는 산화 스트레스 방어와 관련된다. catalpol, geniposide, loganin, morroniside, coptisine 다섯 물질이 인간 Keap1의 ETGE 포켓 근처에 머무는 양상이 독립 실행에서도 반복되는지 비교했다.
이 계산으로 확인한 범위는 포켓 주변 체류 패턴까지다. 실제 결합이나 세포 내 효능은 측정하지 않았으며, 결과는 후속 실험 순서를 정하는 데만 썼다.
반복 결과가 바꾼 순위
다섯 물질에는 같은 도킹 및 all-atom 분자동역학 절차를 적용했다. 한 번의 점수로 순위를 정하지 않기 위해 실행을 독립적으로 반복했고, 각 궤적의 구조 변화와 포켓 접촉, 변위를 함께 살폈다.
결과는 물질마다 달랐다. catalpol과 geniposide는 포켓 가까이에 머무는 양상이 가장 일관됐다. loganin은 실행에 따라 달랐고, morroniside는 반복성 기준을 넘지 못했다. coptisine은 계속 포켓에서 멀어졌다. endpoint-energy 민감도 분석은 반복성 기준을 통과한 catalpol과 geniposide 복합체에만 적용했다.
출판 기록과 현재 한계
모든 후보에 같은 조건을 적용하고 독립 반복을 거쳐 순위를 다시 매겼다. 판단에 사용한 궤적과 구조·접촉·변위 분석은 논문과 보충자료에 공개했다.
논문 게재와 PubMed 색인은 확인됐다. 계산 결과를 독립 실험으로 재현한 것은 아니다. 논문에서 제안한 범위도 catalpol과 geniposide를 먼저 시험해 보자는 데까지다. 실제 Keap1 결합과 Nrf2 활성화는 아직 측정하지 않았다.
해석을 멈춘 지점
반복 결과가 초기 순위를 지지하지 않아 morroniside 중심의 해석을 버렸다. 단백질 전체 움직임에서 공통 패턴도 관찰했지만, apo 대조군이 없었다. 그래서 특정 리간드가 allosteric 효과를 냈다고 해석하지 않았다.
다음 단계는 직접 결합과 ETGE peptide competition을 먼저 측정하는 것이다. 그 결과가 뒷받침되면 세포에서 target engagement와 경로 활성화를 시험할 수 있다. 이 실험들은 논문에서 제안했을 뿐 아직 수행하지 않았다.
논문과 계산 방법
- 논문 DOI
- PubMed 기록
- 게재지: In Silico Pharmacology 14권, 논문 번호 211 (Springer Nature, 2026)
- 저자: Byungwoong Yoo, Independent Researcher
- ORCID: 0009-0002-1797-3100
분자 도킹 뒤 all-atom 분자동역학을 수행하고 구조 변화와 상호작용을 분석했다. 모든 후보에 같은 조건을 적용해 독립 반복 간 일관성을 비교했다. 세부 조건은 논문의 Methods와 Supplementary Information에 있다.