단백질의 서열을 알더라도 실제로 어떤 입체 모양을 이루는지는 별도로 알아내야 한다. 구조예측은 그 모양을 계산으로 제안하는 작업이다. 정답이 공개된 뒤에 예측을 고르거나 좌표를 바꾸면, 처음에 무엇을 예상했는지 확인하기 어려워진다. 나는 실험 구조와 비교하기 전에 예측 파일과 검사 기록을 한 묶음으로 고정하는 작업을 진행했다.
여기서 동결한 것은 단백질 자체가 아니라 파일의 상태다. 예측한 원자의 위치를 좌표로 저장하고, 비교할 때 사용할 파일이 무엇인지 남겼다. 나중에 결과를 평가하려면 좋은 점수가 나온 파일만 고르는 대신, 그때 준비해 둔 파일로 돌아갈 수 있어야 하기 때문이다.
예측 파일이 갖춰야 할 조건
좌표 파일이 있다는 사실만으로 검사를 끝낼 수는 없다. 입력한 단백질 서열과 파일에 적힌 잔기가 맞는지, 사슬이 구분되어 있는지, 제출 형식에 맞춰 좌표가 기록되었는지를 확인하는 검증 패키지를 함께 보존했다. 잔기는 단백질 사슬을 이루는 아미노산 단위다. 이 표기들이 어긋나면 같은 대상을 예측했다고 생각하면서도 다른 파일을 비교할 수 있다.
파일마다 SHA-256 해시도 남겼다. 해시는 파일의 내용을 바탕으로 계산하는 긴 식별값으로, 뒤에 받은 파일이 보존한 것과 같은지 확인하는 데 쓴다. 파일명만 같고 내용이 바뀐 경우를 구분할 수 있지만, 해시가 맞는다고 예측 구조까지 정확해지는 것은 아니다. 형식과 파일의 동일성을 확인하는 일 다음에는 실험 구조와의 비교가 남는다.
CASP17에 제출한 다섯 모델
2026년 8월 20일, 단백질 구조예측 대회 CASP17에 YooIndependent 팀으로 제출한 T2461 모델 5개가 접수됐다. 예측 파일을 준비하는 데서 그치지 않고 공식 제출까지 마친 것이다. 이어 9월 20일에는 ESMFold로 예측한 구조를 주형 구조에 맞춰 조립하고 접촉면을 재배치한 방법을 설명하는 초록을 제출했다.
제출한 모델은 CASP17 공식 예측 기록에서 확인할 수 있다. 9월 20일 현재 공식 평가 점수와 순위는 확인되지 않아, 접수된 모델 수를 예측 성능으로 해석하지 않는다. 후보 좌표와 미공개 수치는 공개하지 않고, 평가 결과가 확인되면 보존한 제출 파일과 연결해 살펴볼 예정이다.